Pierwszy wicepremier gabinetu Bohuslava Sobotki to Andrej Babiš- sądowy przeciwnik Orlenu. Jest on właścicielem Agrofert - olbrzymiej grupy chemiczno-spożywczej konkurującej m.in. z polskimi producentami żywności, ale także np. Grupą Azoty. Podczas prywatyzacji Unipetrolu - PKN Orlen zawarł z Agrofertem tajne porozumienie. Obie firmy połączyły siły a w zamian Orlen zobowiązał się po udanym przejęciu Unipetrolu odsprzedać Agrofertowi jego część chemiczną. Zmiana władz płockiej spółki spowodowała jednak, że strona polska postanowiła nie honorować porozumień z Babišem. Rozpoczęły się procesy sądowe, których stawką było kolosalne odszkodowanie. Jak informują Lidovske Noviny Agrofert właśnie przegrał tą prawną batalię a negatywny dla niego wyrok jest prawomocny. Chodzi o nawet 20 mld koron. Rzecznik spółki podkreśla, że czeka ona na otrzymanie pisemnej kopii wyroku sądu i na jej podstawie zostanie podjęta decyzja o ewentualnym wniesieniu wniosku o kasację do Sądu Najwyższego.
To niejedyna potyczka jaką skonfliktowany z Orlenem Babiš przegrał w ostatnim czasie. Jest on zwolennikiem koncentracji czeskich firm powiązanych z sektorem paliwowym w rękach skarbu państwa (to jego człowiek – prezes spółki Mero, Stanislav Bruna sugerował w lokalnej prasie pod koniec marca br., że skupienie całej branży w polskich rękach skończy się zamknięciem czeskich rafinerii). W 2014 r. Babiš kategorycznie odrzucił możliwość połączenia naftowych spółek Mero i Čepro z Česka Rafinérska, którą kontrolował już w większości Orlen (co potwierdził premier Sobotka informując, że firmy nie będą prywatyzowane). Mało tego, starał się osłabić pozycję Polaków w Česka Rafinérska poprzez propozycję odkupienia przez rząd rafinerii w Kralupach. Nie jest także tajemnicą, że Babiš był żywo zainteresowany uniemożliwieniem Orlenowi uzyskania pełnej kontroli nad czeskimi zakładami petrochemicznymi. Niewykluczone, że to właśnie on inspirował działania stowarzyszenia Unie Nezávislých Petrolejářů zrzeszającego niezależnych operatorów i dystrybutorów sektora petrochemicznego w Czechach. Próbowało ono zablokować w czeskim Urzędzie Antymonopolowym nabycie przez Unipetrol (kontrolowany przez PKN Orlen) udziałów Eni w Česka Rafinérska. To się jednak nie udało, a strona polska 31 marca br. prawomocnie stała się jedynym udziałowcem spółki, która kontroluje rafinerie w Kralupach i Litvinowie.
Ostatnie zwycięstwa odniesione przez PKN Orlen w potyczkach stoczonych z Babišem nie gwarantują jednak wygrania wojny (określenie takie wydaje się coraz bardziej adekwatne w odniesieniu do relacji łączących obie strony). Właściciel Agrofertu zwalcza polski koncern od czasu prywatyzacji Unipetrolu (2004 r.) i nic nie wskazuje na to, by prawomocny wyrok sądowy miał to zmienić. Tymczasem znaczenie Babiša w czeskiej polityce nieustannie wzrasta i ma on coraz większe szanse na zostanie premierem Czech w niedalekiej przyszłości. Bardzo prawdopodobne, że sięgnie wtedy po mocniejsze środki służące realizacji jego zamysłu skonsolidowania czeskiego sektora petrochemicznego w rękach państwa. Ma ku temu wiele możliwości włącznie z najbardziej drastycznymi (mam tu na myśli np. zawyżanie opłat za tranzyt ropy dzięki kontrolowaniu operatora zarządzającego krajowymi ropociągami. Taka sytuacja miała przez krótki czas miejsce już za rządów Petra Nečasa). Pojawiające się coraz częściej w czeskich mediach spekulacje na temat sprzedaży przez Orlen aktywów nad Wełtawą (np. miliarderom Křetínskiemu i Kellnerowi) to najprawdopodobniej ostrzeżenia jakie Babiš wysyła pod adresem płockiego koncernu. Ich przekaz jest jasny: „dogadajcie się ze mną po dobroci póki macie jeszcze czas…”