Opisana powyżej kwestia ma związek ze sporem Orlenu z Andrejem Babišem. Jest on właścicielem Agrofert - olbrzymiej grupy chemiczno-spożywczej konkurującej m.in. z polskimi producentami żywności, ale także np. Grupą Azoty. Podczas prywatyzacji Unipetrolu - PKN Orlen zawarł z Agrofertem tajne porozumienie. Obie firmy połączyły siły a w zamian Orlen zobowiązał się po udanym przejęciu Unipetrolu odsprzedać Agrofertowi jego część chemiczną. Zmiana władz płockiej spółki (na początku rządów koalicji PO-PSL) spowodowała jednak, że strona polska postanowiła nie honorować porozumień z Babišem. Rozpoczęły się procesy sądowe, których stawką było kolosalne odszkodowanie. Jak poinformowały w kwietniu ub.r. Lidovske Noviny Agrofert przegrał tą prawną batalię a negatywny dla niego wyrok jest prawomocny. Chodzi o nawet 20 mld koron.
To niejedyna potyczka jaką skonfliktowany z Orlenem Babiš przegrał w ostatnim czasie. Jest on zwolennikiem koncentracji czeskich firm powiązanych z sektorem paliwowym w rękach skarbu państwa (to jego człowiek – prezes spółki Mero, Stanislav Bruna sugerował w lokalnej prasie pod koniec marca ub. r., że skupienie całej branży w polskich rękach skończy się zamknięciem czeskich rafinerii). W 2014 r. Babiš kategorycznie odrzucił możliwość połączenia naftowych spółek Mero i Čepro z Česka Rafinérska, którą kontrolował już w większości Orlen (co potwierdził premier Sobotka informując, że firmy nie będą prywatyzowane). Mało tego, starał się osłabić pozycję Polaków w Česka Rafinérska poprzez propozycję odkupienia przez rząd rafinerii w Kralupach. Nie jest także tajemnicą, że Babiš był żywo zainteresowany uniemożliwieniem Orlenowi uzyskania pełnej kontroli nad czeskimi zakładami petrochemicznymi. Niewykluczone, że to właśnie on inspirował działania stowarzyszenia Unie Nezávislých Petrolejářů zrzeszającego niezależnych operatorów i dystrybutorów sektora petrochemicznego w Czechach. Próbowało ono zablokować w czeskim Urzędzie Antymonopolowym nabycie przez Unipetrol (kontrolowany przez PKN Orlen) udziałów Eni w Česka Rafinérska. To się jednak nie udało, a strona polska 31 marca ub.r. prawomocnie stała się jedynym udziałowcem spółki, która kontroluje rafinerie w Kralupach i Litvinowie.
Jeszcze w kwietniu 2015 komentatorzy podnosili, że istnieje ryzyko, iż trwający spór doprowadzi do drastycznego podniesienia stawek za przesył ropy naftowej.